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半定量RTP CR

閱讀次數(shù):1689   發(fā)布時(shí)間:2012/9/14 8:56:15

RT - PCR不僅可以用來(lái)檢測(cè)特定基因semi-quantitate水平。因此,一個(gè)可以比較轉(zhuǎn)錄水平在不同的樣品。這可以通過(guò)不同的方式。一是定量轉(zhuǎn)錄水平從控制,看家基因如肌動(dòng)蛋白。(轉(zhuǎn)錄的看家基因被認(rèn)為是了幾乎所有的實(shí)驗(yàn)條件。另一種方法是添加一個(gè)引物特異性聚合酶鏈反應(yīng)在反應(yīng)外源性,模板。

量化對(duì)看家基因轉(zhuǎn)錄

該方法包括逆轉(zhuǎn)錄使用寡核苷酸引物隨機(jī)引物。由此產(chǎn)生的基因從而代表兩個(gè)看家基因轉(zhuǎn)錄以及具體的成績(jī)單量化。逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)然后放大在一個(gè)對(duì)聚合酶鏈反應(yīng)系列-系列放大看家基因(用磷酸甘油醛脫氫酶,等等,特異性引物,和其他的特定基因的興趣(在不同的基因,利用基因特異性引物)。

不同的聚合酶鏈反應(yīng)管內(nèi)的每一個(gè)系列的建立等,他們在不同的數(shù)額模板(金額逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)產(chǎn)物[基因]或進(jìn)行聚合酶鏈反應(yīng)擴(kuò)增循環(huán)數(shù)不同。這是因?yàn)椋?/span>聚合酶鏈反應(yīng)擴(kuò)增,雖然理論上對(duì)數(shù),不太高或低數(shù)量擴(kuò)增周期。對(duì)數(shù)指數(shù)擴(kuò)增通常只發(fā)生在中東的周期,這取決于濃度目標(biāo)模板比較因此可以在這一階段。

聚合酶鏈反應(yīng)后,同體積的反應(yīng)產(chǎn)物的電泳瓊脂糖凝膠上(是在同一凝膠。圖像的彩色脫氧核糖核酸產(chǎn)物然后獲得和分析的視覺(jué)比較或與計(jì)算機(jī)軟件(如圖像論文一個(gè)例子是如下,半定量的目視檢查表達(dá)fut9基因在細(xì)胞系,lec12lec29。

可以看出,1)兩個(gè)細(xì)胞系,指數(shù)擴(kuò)增fut9發(fā)生在周期33 - 42。2)帶強(qiáng)度在這些周期表明幾乎相同水平的模板(基因)是用于什么細(xì)胞系。3)fut9水平約6 - 9周期'behind ' ' lec12lec29。

注釋

1。應(yīng)該做一個(gè)試點(diǎn)實(shí)驗(yàn),首先是要確保只有單一的具體的產(chǎn)品獲得的引物,得到一個(gè)想法的一系列周期或逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)稀釋使用。

2。一開(kāi)始應(yīng)該與等量的核糖核酸聚合酶反應(yīng)。

3。所有的反應(yīng)進(jìn)行的同時(shí),使用試劑,準(zhǔn)備作為一個(gè)supermix減少任何變化

4。產(chǎn)物應(yīng)該是運(yùn)行在同一凝膠,減少任何變化。

5。當(dāng)定量比較罕見(jiàn)的成績(jī)單它可以更好地用于控制那些看家基因的轉(zhuǎn)錄在一個(gè)較低的水平。例如,醛縮酶表示在一個(gè)較低的水平相比,基因

6。當(dāng)進(jìn)行聚合酶鏈反應(yīng)不同周期數(shù),建立聚合酶鏈反應(yīng)的反應(yīng),消除他們一點(diǎn)零一分在中東的擴(kuò)展階段期間所需的聚合酶鏈反應(yīng)循環(huán)數(shù)然后在水浴在65~75幾分鐘保證延伸完成。

7。當(dāng)反應(yīng)不同反應(yīng)(通常是一個(gè)系列的2或3倍稀釋,逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)使用逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng),沒(méi)有模板的不同反應(yīng)的反應(yīng)相同數(shù)量的反應(yīng)但不同數(shù)量的基因)。這是必要的,因?yàn)?/span>成分比其他基因的逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)(如逆轉(zhuǎn)錄,數(shù)碼地面電視,等)可以影響反應(yīng)效率。

半定量使用外源性標(biāo)準(zhǔn)

一個(gè)可以有外源性標(biāo)準(zhǔn)(無(wú)論是核糖核酸或核酸,可以被放大使用相同的引物,擴(kuò)增轉(zhuǎn)錄的興趣。標(biāo)準(zhǔn)的目的是相同的序列轉(zhuǎn)錄興趣除了是40 - 50個(gè)核苷酸短或更長(zhǎng)。不同數(shù)量的標(biāo)準(zhǔn)是用來(lái)在不同的聚合酶鏈反應(yīng)的反應(yīng)(如標(biāo)準(zhǔn)是一種核糖核酸,是前加入逆轉(zhuǎn)錄步驟)和擴(kuò)增相同數(shù)量的周期外源性標(biāo)準(zhǔn)競(jìng)爭(zhēng)與內(nèi)源性模板,因此,這個(gè)策略也被稱為競(jìng)爭(zhēng)性RTP CR。

產(chǎn)品electophoresed和定量的軟件和一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)'amount '與'強(qiáng)度' ' 'band繪制

在這個(gè)例子中所示,產(chǎn)品1是從標(biāo)準(zhǔn)和2是由內(nèi)源性轉(zhuǎn)錄。可以看出,數(shù)額標(biāo)準(zhǔn)加入反應(yīng)為5道大致等于轉(zhuǎn)錄。

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